アデノシン-1-リン酸の作成

Builcule の置換基作成機能のチェックを兼ねて，アデノシン 1-リン酸（AMP）の分子モデルを作成しました．
ここでの作成経路は，

作成した置換基は，ホームディレクトリの隠しディレクトリ内のファイル $HOME/.builcule/b10/subst.bcl に保存され，Builcule 起動時に読み込まれます．
すなわち，再利用可能です．

リン酸残基

phospho

ここではプロパンからリン酸残基を作成します．
画像は，下記手順のうち，置換基の根となる原子をピックする前の状態です．画像の数字はピックの順序を示します．

  1. プロパンの C3 をリンに変更
  2. C2 を酸素に変更．さらに，P3 に結合している水素も酸素に変更
  3. O2 に結合している水素を削除
  4. 水素付加．ここでは，[極性水素付加(OpenBabel)]
  5. 置換基の根となる原子をピック．画像の数字はピックの順序
  6. [編集(E)]-[置換基ストックに追加]

インドール残基

Trp-Gly

トリプトファンからインドール残基を作成し，置換基ストックに追加します．
画像は，下記手順のうち，置換基の根となる原子をピックしたところです．

  1. [編集(E)]-[ペプチドを追加(P)] で，Trp-Gly を作成
  2. 水素付加．ここでは，[ペプチドに水素付加(Builcule)]
  3. （構造が見えにくいので）コンフォメーション探索
  4. 置換基の根となる原子をピック．画像の数字はピックの順序
  5. [編集(E)]-[置換基ストックに追加]

リボース骨格

ribose

n-ヘキサン (1) からリボース骨格 (3) を作成しました．
まず，1-メチルシクロペンタン (2) を作成しました．

  1. 二面角の変更を繰り返し，五員環を作成するのに適切なコンフォメーションを作成
  2. C1，C5 に結合した 水素を 1 個ずつ削除
  3. C1 と C5 の間に結合を生成

次いで，1-メチルシクロペンタンからリボース骨格 (3) を作成しました．

  1. C1 に結合した 2 個の水素を削除
  2. C1 およびいくつかの水素を酸素に変換

AMP の作成

AMP

リボース骨格にインドール基とリン酸基を接続したかものが (1) です．
(1) を多少編集すれば，AMP (2) の完成です．