グリセリドの作成
Builcule でいくつかのグリセリド類を作成しました.
この作業は,分子や領域のコピー & ペースト機能のチェックを兼ねています.
- アセチル基の作成
- 1,3-ジグリセロールの作成
- 1,2-ジグリセロールの作成
- 分子のカット & ペースト その 1
- 分子のカット & ペースト その 2
アセチル基(脂肪酸残基)の作成
ここでの役割は,グリセロールに接続される脂肪酸です.
アセチル基は汎用性が高そうなので,置換基ストックに追加しておきます.
画像は,(1) → (2) の経路で作成したことを示しています.
- プロパンを作成……画像(1)
- C2 に結合した水素を削除
- C2 に sp2 酸素を分岐
- 画像内 1,2 の順序で根を指定して置換基ストックに追加……画像(2)
1,3-ジグリセロールの作成
プロパンからグリセロールを作成し,脂肪酸を接続します.
ここでの脂肪酸は,上で作成したアセチル基です.
画像は,(1) → (3) の経路で作成したことを示しています.
- プロパンを作成……画像(1)
- C1,C2,C3 に結合した水素を 1 個ずつ酸素に変更
- 極性水素付加(OpenBabel)……画像(2)
- 1,3-位のヒドロキシ基にアセチル基を接続
- コンフォメーション探索……画像(3)
1,2-ジグリセロールの作成
1,3-ジグリセロールのアセチル基をカット & ペーストして 1,2-ジグリセローを作成します.
画像は,(1) → (3) の経路で作成したことを示しています.
- 上で作成した 1,2-ジグリセロール……画像(1)
- C3 に結合した酸素 → アセチル基のアルボニル炭素の順にピック
- 領域をカット……画像(2)
- 2-位のヒドロキシ基をピック
- 領域を接続……画像(3)
分子のカット & ペースト その 1
画像では,ユニット 0 で 1,3-ジグリセロールが 2 分子作成されています.
これ自体分子のコピー & ペーストで増やしたのですが,ここでは別のユニットにカット & ペーストする方法を紹介します.
- 分子でエディタで,カット & ペーストしたい分子を選択
- 分子でエディタで,分子をカット
画像では示しませんが,ユニット 1 の分子が 1 個になります.
分子のカット & ペースト その 2
- ユニット 1 に移動
- 分子でエディタで,分子をペースト
画像は,ユニット 1 に分子をペーストした後のようすです.