タンパク質-低分子複合体の低分子を改変

仕様

分子の重ね合わせについては，下記の仕様です．

• ユニット 0 と ユニット 1 の分子を重ね合わせます
• ユニット 0 の分子が平行移動と回転して分子が重ね合わされます

重ね合わせ後，ユニット 0 と ユニット 1 から必要な分子をユニット 2 にコピー & ペーストすればキメラを作成できます．

FBP を見つける

分子エディタには，分子ごとにその原子数も表示されます．
FBP は原子数からあたりを付けられそうです（原子が欠落している場合があるので，あくまでも目安）． 画像は，

1. ユニット 1 で 1A3W を開き
2. メニューバーの [表示と選択(V)]-[選択した分子を空間充填で] を実行し
3. 分子エディタで 6，7 番をクリックして反転表示

させたところです．
この 2 分子が FBP のようです．

FBP 複合体を単離

ここでは，キナーゼ FBP 複合体をコピーしてユニット 1 にペーストします．
（一組の複合体を残して他は削除するという手もあります）

1. 上と同じ方法で FBP に結合しているキナーゼサブユニットを見つけ，一組のサブユニットと FBP を反転表示させた状態にします
2. 分子エディタの [選択を反転] を実行
3. 分子エディタの [分子をカット] を実行

とすれば，一組のサブユニットと FBP の複合体が単離できます．
そのままでは分子が区別しにくいので，

1. メニューバーの [表示と選択(V)]-[選択した分子を空間充填で] を実行し
2. 分子エディタで FBP をクリックして反転表示

としました．
FBP が空間充填様式で，キナーゼが針金様式で表示されています．FBP を含む複合体が単離できたことが確認できました．

FBP のコピーを作成する

1. 分子ディタで FBP を反転表示させた状態で，分子エディタの [分子をコピー]
2. ユニット 0 に移動して，分子エディタの [分子をペースト]
3. 水平ツールバーの[センタリング]

としました．
ユニット 0 に FBP が単離できました．

FBP を編集する

ここでは，水素付加をおこないます．

垂直ツールバーの[水素付加を] クリックすると，水素付加のオプション選択ウィンドウが表示されます．
極性水素付加(OpenBabel) と非極性水素付加(OpenBabel) を 1 回ずつ実行したのが画像です．

他の編集機能を使って FBP アナログを作成するのも面白そうですが，ここまでにしておきます．

重ね合わせるべき原子をピック

ユニット 0 と 1 で，重ね合わせるべき原子をピック（原子をクリック）します．
ここでは，フラクトースの炭素原子をピックしました．
画像は ，ユニット 1 の FPD 部分をズームアップし，炭素原子のピック順を書き込んだところです．

ユニット 0 の FBP についても対応する炭素原子をピックします．

なお，ズームは，Ctrl キーと X キーを同時に押しながらマウススクロールです．

重ね合わせて表示

ユニット 0 と 1 で対応した原子をピックした状態で，水平ツールバーの[ピックで重合せ] をクリックすると，ユニット 0 が平行移動，回転して重ね合わせが実行されます．
その際，画像に示す，重ね合わせのようすを示すウィンドウが表示されます．
ユニット 0 が赤色の針金モデル，ユニット 1 が青色の針金モデルで描かれています．

分子をマージ

ユニット 0 とユニット 1 が重ね合わされた状態なので，ユニット 2 に FBP 誘導体（水素付加しただけ）とキナーゼとの複合体モデルが作成できます．

ユニット 0 には FBP 誘導体が 1 個のみ存在します．
ユニット 0 から FBP 誘導体をユニット 2 にコピーします．

1. 分子エディタで 0 番をクリックして反転表示
2. 分子エディタで [分子をコピー]
3. ユニットセレクタでユニット 2 に移動
4. 分子エディタで [分子をペースト]

ユニット 1 にはキナーゼと FBP の 2 分子が存在します．
キナーゼをユニット 2 にコピーします．

1. 分子エディタでキナーゼの番号 0 をクリックして反転表示
2. 分子エディタで [分子をコピー]
3. ユニットセレクタでユニット 2 に移動
4. 分子エディタで [分子をペースト]

画像は，FBP 誘導体とキナーゼとの複合体モデルです．
上記「FBP 複合体を単離」の画像と比べると，FBP に水素が付加されていることが判ります．