BMerge

ビルドとインストール

ソースファイル

• libbuilcule-2：ライブラリのページへのリンクです．先にライブラリをインストールしてください
• bmerge-1.0.0.tar.gz

ビルドとインストール

ダウンロードした bmerge-1.0.0.tar.gz を解凍し，生成するディレクトリに移動します．
~$ tar -zxvf bmerge-1.0.0.tar.gz
~$ cd bmerge-1.0.0
Makefile 作成ツールには，Automake を使っています．Automake の常法どおり，
~/bmerge-1.0.0$ ./configure
~/bmerge-1.0.0$ make
~/bmerge-1.0.0$ sudo make install
とすれば，/usr/local/bin に bmutate がインストールされます．

アンインストール

実行ファイルがインストールされるだけなので，これを削除してください．
~/$ sudo rm /usr/local/bin/bmerge

不具合

不具合ではなくアイデアなのですが，一つのファイルに含まれている分子の位置関係を保持しつつマージするという手もあります．
現在は，マージした分子は元の位置関係が保存されません（混合した後，撹拌されるイメージ）．
必要が生じたらオプションとして追加します．

改定履歴

2023 年 11 月 8 日 : 1.0.0 リリース．

マニュアル

ファイル形式

• 入出力ファイルは，XYZ 形式，PDB 形式，および 独自形式である BCL 形式に対応しています
• ファイル形式は，拡張子で判断します

オプション

ショートオプション（1 ハイフン + 1 文字）のみ使えます．
binter i:j:o:hv

• i 1 個めの入力ファイルを指定してください．相対パスでも絶対パスでも OK です
• j 2 個めの入力ファイルを指定してください．相対パスでも絶対パスでも OK です
• o 出力ファイルを指定してください．相対パスでも絶対パスでも OK です
• h ヘルプを表示します
• v バージョンを表示します

使用例

~$ bmerge -iwk/tmp0.bcl -jwk/tmp1.bcl -owk/tmp2.bcl
wk ディレクトリの tmp0.bcl と tmp1.bcl を入力ファイルとし，これらのファイルに含まれる分子を，重なり合わないように位置を調整した上で wk ディレクトリの tmp2.bcl というファイルに出力します．

入力構造 1

画像は，Builcule で 16 分子の水を作成したところです．
[実験]-[分子間相互作用] で凝集させたあとで，[表示]-[空間充填] で表示しています．
作業ディレクトリに tmp0.bcl という名前で保存しました．

入力構造 2

画像は，Builcule で NaCl を 2 ペア作成したところです．
[実験]-[分子間相互作用] で凝集させたあとで，[表示]-[空間充填] で表示しています．
作業ディレクトリに tmp1.bcl という名前で保存しました．

出力構造

~$ bmerge -iwk/tmp0.bcl -jwk/tmp1.bcl -owk/tmp2.bcl
という感じでマージし，出力ファイル tmp2.bcl を Builcule で開いたところです．
[表示]-[空間充填] で表示しています．
塩水ができました．

おまけ

BCMD シリーズの目的のひとつは，計算化学ソフトウェアの入力構造を作成することです．
そのイメージをお伝えするために，Builcule の [実験]-[分子間相互作用] で相互作用シミュレーションをおこなってみました．

画像はその結果です．
2 個の Na と 1 個の Cl が会合してしまいました．1 個の Cl は圏外に弾かれてしまいました．
Builcule のシミュレーション機能はまだまだのようです．