描き分け

原子の三次元座標が与えられると，原子間の距離や角度に基づいて，分子，アミノ酸，タンパク質といった構造が検知できます．
一方，分子を画面に表示するために，原子を球，結合をシリンダまたは線，ペプチド主鎖を三角形といったオブジェクトで表現します．
これらを組み合わせれば（構造に応じてオブジェクトの色やサイズを変更すれば），その分子（あるいは複数の分子）を構造に基づいて描き分けできます．

アミノ酸 / 非アミノ酸に基づく描き分け

ペプチドも検知しているので，より正確に言えば，「アミノ酸，ペプチド / 非アミノ酸，非ペプチド」です．

まず描き分けしたいタンパク質を，メニューバーで [ウィジェット(W)]-[レイヤ 0] で表示される画面または [ウィジェット(W)]-[レイヤ 1] で表示される画面で開いて下さい．
両方のタンパク質を並べて表示する機能 [ウィジェット(W)]-[レイヤ 01] では描き分けできないようにしています．
次いで，[表示(V)]-[描き分け]-[アミノ酸/非アミノ酸] とすれば，条件を設定するためのウィンドウが表れます．

条件設定

4 個の選択肢があります．

モデルと着色の選択

アミノ酸に対しては，「空間充填」，「棒球」，「棒球リボン」，「リボン」，「棒」，および「針金」の各モデルと「モノクロ」，「分子」，「ペプチド」，「アミノ酸」，「二次構造」および「CPK」の各着色の組み合わせから 1 個．
非アミノ酸に対しては，「空間充填」，「棒球」，「棒」，および「針金」の各モデルと「モノクロ」，「分子」，および「CPK」の各着色の組み合わせから 1 個．

着色の「分子」，あるいは「ペプチド」というのは，分子ごと，ペプチドごとに色を変えるオプションです．
「アミノ酸」というのは，アミノ酸の性質に基づく着色です（Asp および Glu を赤，Arg，His，および Lys を青，Cys を黃，Ser，Thr，Asn，Gln，Tyr，および Gly を緑）．
「二次構造」は，α-ヘリックスを赤色，β-シートを黄色に着色します．

「棒球リボン」というのは，棒球とリボンを同時に表示するオプションです．
この場合，リボンの着色は「二次構造」に限定しています．

塗り潰し，線描，点描

この選択肢は，描画ライブラリ側の設定を使ったものです．アミノ酸，非アミノ酸に対して設定できます．
立体の表面を乗り潰すか，線で表すか，点で表すかを設定できます．
（要するに，OpenGL での二次曲面の描画オプション GLU_FILL，GLU_LINE，および GLU_POINT の選択）

なお，ペプチド結合を表す三角形や共有結合を表す線では，このオプションは機能しません．