ファイル
このページでは，メニューバーのファイル入出力に関する機能を紹介します．
- [ファイル(_F)]-[開く(_O)] / [保存(_S)] で，分子の構造を記述した XYZ 形式，BCL 形式，PDB 形式および PDBx/mmCIF 形式のファイルを開いたり，保存したりします
- [ファイル(_F)]-[FASTA 形式で出力]では，FASTA 形式でアミノ酸配列を出力します
- [ファイル(_F)]-[Open Babel でインポート] [ファイル(_F)]-[Open Babel でエクスポート] は，Open Babel の共有ライブラリ libopenbabel を利用した入出力機能です
Open Babel による入出力
ファイル形式が多いので，それを選択する操作を独立しています．まずファイル形式を選択し，次いでファイルを選択してください．
ファイル形式の選択
メニューコマンドを実行すると，まずファイル形式選択用のリストが現れます．
目的とするファイル形式を選択して [OK] ボタンをクリックしてください．ファイル選択ダイアログボックスが現れます．
画像では，cif 形式を選択しています．
ファイルの選択
画像は cif 形式を選択したときのファイル選択ダイアログボックスです．
拡張子が cif でない場合でも，他の拡張子が選択できます．
ただし，ファイル形式（今の例では cif 形式）は変更できません．
分子の構造を記述したファイルの独自入出力
メニューバーの [ファイル(_F)]-[開く(_O)] / [保存(_S)] で，XYZ 形式，BCL 形式，および PDB 形式のファイルを開いたり，保存したりします．
XYZ 形式
XYZ 形式で記述したメタンを下に示します．
5 This file was creatwd with Builcule. C -0.00000 0.00000 -0.00000 H 1.07000 0.00000 -0.00000 H -0.35667 0.00000 1.00881 H -0.35667 -0.87365 -0.50440 H -0.35667 0.87365 -0.50440
BCL 形式
BCL 形式は，XYZ 形式に結合情報を追加した独自形式です．
すなわち，原子の通し番号とその原子の結合先の通し番号を記述しています．
BCL 形式で記述したメタンを下に示します．
5 This file was creatwd with Builcule. C -0.00000 0.00000 -0.00000 0 1 2 3 4 H 1.07000 0.00000 -0.00000 1 0 H -0.35667 0.00000 1.00881 2 0 H -0.35667 -0.87365 -0.50440 3 0 H -0.35667 0.87365 -0.50440 4 0
- 1 行めには，原子数が記されています
- 2 行めはコメント行です
- 3 行め以降は，原子ごとの xyz 座標（カルテシアン座標 == ガウス座標）が記されています
- 1 列めは元素記号，2，3，4 列めはそれぞれ，x，y，z 座標です
PDB 形式
PDB 形式はタンパク質の構造を記述する形式の一つです．
下に PDB 形式で記した Gly-Gly の例を示します．
Builcule は，下の例でいうと，右端の元素の列，その左に記している座標を読み取っています．
ATOM 1 N GLY A 1 -2.379 0.509 0.033 N ATOM 2 CA GLY A 1 -1.268 -0.408 -0.202 C ATOM 3 C GLY A 1 0.027 0.289 0.095 C ATOM 4 O GLY A 1 0.148 1.595 0.523 O ATOM 5 N GLY A 2 1.138 -0.628 -0.140 N ATOM 6 CA GLY A 2 2.399 0.051 0.149 C ATOM 7 C GLY A 2 3.541 -0.891 -0.093 C ATOM 8 O GLY A 2 3.294 -2.179 -0.522 O ATOM 9 OXT GLY A 2 4.838 -0.470 0.115 O TER 10 GLY A
PDBx/mmCIF 形式
Builcule-9 では，PDBx/mmCif 形式のファイル (*.cif) を開く機能を追加しました．
cif ファイルの構造は，Data Items Describing Atomic Positions に記述されている "ATOM_SITE Data Entry Example" を参考にしています．
読み取るのは原子ごとの情報を記した行です．
それら各行に記述されている内容を，下に引用します．本来横書きである行の内容が，縦書きに列挙されているので注意してください．
すなわち，Detrial では，行が "ATOM" または "HETATM" で始まっている行の，第 3，11，12，13 レコード（それぞれ元素，X，Y，Z座標）を読み取ります．
# loop_ _atom_site.group_PDB 読むかどうかはこのレコードで判断．"ATOM" または "HETATM" であれば読む _atom_site.id _atom_site.type_symbol このレコードを読む（元素） _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.Cartn_x このレコードを読む（X 座標） _atom_site.Cartn_y このレコードを読む（Y 座標） _atom_site.Cartn_z このレコードを読む（Z 座標） 以下略
cif ファイルの具体例で示すと，
ATOM 4387 N NE2 . HIS D 2 146 ? 29.161 -6.385 24.995 1.00 18.72 ? 146 HIS D NE2 1 ATOM 4388 O OXT . HIS D 2 146 ? 31.310 -12.411 23.487 1.00 25.59 ? 146 HIS D OXT 1 HETATM 4389 C C . CYN E 3 . ? 5.231 -14.989 4.427 1.00 16.65 ? 143 CYN A C 1 HETATM 4390 N N . CYN E 3 . ? 6.279 -15.492 4.453 1.00 23.22 ? 143 CYN A N 1
FASTA 形式でのアミノ酸配列の出力
[ファイル(_F)]-[FASTA 形式で出力(_F)] でアミノ酸配列を出力できます．
コメント行には，分子の通し番号と，その分子内でのペプチドの通し番号とを記述しています．
一行あたり，70 アミノ酸残基を出力します．
独自記号として下記のものを使用しています．
- C : システイン
- c : シスチン
- X : 未同定アミノ酸残基（非架橋）
- x : 未同定アミノ酸残基（架橋）
- p : ヒドロキシプロリン
下は，ペプチドを 2 個含むユニットを FASTA 形式で出力した例です．
>mol : 0, seq : 0 ScALGYSAGPcMGMTSRYFYxGTSMAcETFQYGGcMGNGNNFVTEKEcLQTcRTV >mol : 1, seq : 0 AcNLPIVRGPcRAFIQLWAFDAVKGKcVLFPYGGcQGNGNKFYSEAEcREYcGV